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Skipping of an alternative intron in the srsf1 3' untranslated region increases transcript stability
https://tokushima-u.repo.nii.ac.jp/records/2001568
https://tokushima-u.repo.nii.ac.jp/records/200156810b3174c-d9de-4039-b0ab-5be4220d660c
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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LID201112071003.pdf (785 KB)
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| Item type | 文献 / Documents(1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 公開日 | 2011-12-07 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| アクセス権 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| アクセス権 | open access | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプ | VoR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | Skipping of an alternative intron in the srsf1 3' untranslated region increases transcript stability | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 著者 |
赤池, 瑶子
× 赤池, 瑶子
× クロカワ, ケン
× カジタ, ケイスケ
× 桑野, 由紀
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392
× 増田, 清士× 西田, 憲生
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546
× Kang, Wan Seung
× タナハシ, トシヒト
× 六反, 一仁
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1581
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| 抄録 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | The srsf1 gene encodes serine/arginine-rich splicing factor 1 (SRSF1) that participates in both constitutive and alternative splicing reactions. This gene possesses two ultraconserved elements in the 3’ untranslated region (UTR). Skipping of an alternative intron between the two elements has no effect on the protein-coding sequence, but it generates a premature stop codon (PTC)-containing mRNA isoform, whose degradation is considered to depend on nonsense-mediated mRNA decay (NMD). However, several cell lines (HCT116, RKO, HeLa, and WI38 cells) constitutively expressed significant amounts of the srsf1 PTC variant. HCT116 cells expressed the PTC variant nearly equivalent to the major isoform that includes the alternative intron in the 3’ UTR. Inhibition of NMD by silencing a key effecter UPF1 or by treatment with cycloheximide failed to increase amounts of the PTC variant in HCT116 cells, and the PTC variant was rather more stable than the major isoform in the presence of actinomycin D. Our results suggest that the original stop codon may escape from the NMD surveillance even in skipping of the alternative intron. The srsf1 gene may produce an alternative splice variant having truncated 3’ UTR to relief the microRNA- and/or RNA-binding protein-mediated control of translation or degradation. |
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| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | srsf1 gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | alternative splicing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | premature stop codon | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | nonsense-mediated mRNA decay | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 書誌情報 |
en : The journal of medical investigation : JMI 巻 58, 号 3-4, p. 180-187, 発行日 2011 |
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| 収録物ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 13431420 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | AA11166929 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 備考 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 値 | The journal of medical investigation : http://medical.med.tokushima-u.ac.jp/jmi/index.html | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子 | 253493 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
