Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis

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doi:http://doi.org/10.1038/nature19840

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Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis

https://tokushima-u.repo.nii.ac.jp/records/2003356

名前 / ファイル	ライセンス	アクション
LID201706014004.pdf (10.9 MB)

Item type

文献 / Documents(1)

公開日

2017-06-05

アクセス権

open access

資源タイプ

資源タイプ識別子

http://purl.org/coar/resource_type/c_6501

資源タイプ

journal article

出版社版DOI

識別子タイプ

DOI

関連識別子

http://doi.org/10.1038/nature19840

出版タイプ

VoR

出版タイプResource

http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85

タイトル

Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis

言語

著者

Session, Adam M
ウノ, ヨシノブ

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ja-Kana	ウノ, ヨシノブ
en	Uno, Yoshinobu

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Chapman, Jarrod A.
トヨダ, アツシ

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タカハシ, シュウジ

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抄録

内容記述タイプ

Abstract

内容記述

To explore the origins and consequences of tetraploidy in the African clawed frog, we sequenced the Xenopus laevis genome and compared it to the related diploid X. tropicalis genome. We characterize the allotetraploid origin of X. laevis by partitioning its genome into two homoeologous subgenomes, marked by distinct families of ‘fossil’ transposable elements. On the basis of the activity of these elements and the age of hundreds of unitary pseudogenes, we estimate that the two diploid progenitor species diverged around 34 million years ago (Ma) and combined to form an allotetraploid around 17–18 Ma. More than 56% of all genes were retained in two homoeologous copies. Protein function, gene expression, and the amount of conserved flanking sequence all correlate with retention rates. The subgenomes have evolved asymmetrically, with one chromosome set more often preserving the ancestral state and the other experiencing more gene loss, deletion, rearrangement, and reduced gene expression.

言語

書誌情報

en : Nature

巻 538, p. 336-343, 発行日 2016-10-20

収録物ID

収録物識別子タイプ

ISSN

収録物識別子

00280836

収録物ID

収録物識別子タイプ

ISSN

収録物識別子

14764687

収録物ID

収録物識別子タイプ

NCID

収録物識別子

AA11726193

権利情報

言語

権利情報

Copyright © 2016 This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) licence. The images or other third party material in this article are included in the article’s Creative Commons licence, unless indicated otherwise in the credit line; if the material is not included under the Creative Commons licence, users will need to obtain permission from the licence holder to reproduce the material. To view a copy of this licence, visit http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.

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329727

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eng

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