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First crystal structure of an NADP+-dependent l-arginine dehydrogenase belonging to the μ-crystallin family
https://tokushima-u.repo.nii.ac.jp/records/2011732
https://tokushima-u.repo.nii.ac.jp/records/20117320d74233f-7c2e-4ec2-8d85-acc8e33ed0f4
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
ijbiomac_249_126070.pdf (1.38 MB)
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| Item type | 文献 / Documents(1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 公開日 | 2024-03-05 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| アクセス権 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| アクセス権 | open access | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版社版DOI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2023.126070 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連名称 | 10.1016/j.ijbiomac.2023.126070 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプ | AM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | First crystal structure of an NADP+-dependent l-arginine dehydrogenase belonging to the μ-crystallin family | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 著者 |
川上, 竜巳
× 川上, 竜巳
WEKO
1262
× タカミ, ナオキ
× 林, 順司
WEKO
965
× ヨネダ, カズナリ
× オオモリ, タケト
× 大島, 敏久
WEKO
118
× 櫻庭, 春彦
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| 抄録 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | Crystal structures of Pseudomonas veronii L-arginine dehydrogenase (L-ArgDH), belonging to the μ-crystallin/ornithine cyclodeaminase family, were determined for the enzyme in complex with L-lysine and NADP+ and with L-arginine and NADPH. The main chain coordinates of the P. veronii L-ArgDH monomer showed notable similarity to those of Archaeoglobus fulgidus L-AlaDH, belonging to the same family, and pro-R specificity similar to L-AlaDH for hydride transfer to NADP+ was postulated. However, the residues recognizing the α-amino group of the substrates differed between the two enzymes. Based on a substrate modeling study, it was proposed that in A. fulgidus L-AlaDH, the amino group of L-alanine interacts via a water molecule (W510) with the side chains of Lys41 and Arg52. By contrast, the α-amino group of L-arginine formed hydrogen bonds with the side chains of Thr224 and Asn225 in P. veronii L-ArgDH. Moreover, the guanidino group of L-arginine was fixed into the active site via hydrogen bonds with the side chain of Asp54. Site-directed mutagenesis suggested that Asp54 plays an important role in maintaining high reactivity against the substrate and that Tyr58 and Lys71 play critical roles in enzyme catalysis. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | L-Arginine dehydrogenase | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | μ-Crystallin/ornithine cyclodeaminase family | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | Crystal structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | Amino acid dehydrogenase | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | Site-directed mutagenesis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 書誌情報 |
en : International Journal of Biological Macromolecules 巻 249, p. 126070, 発行日 2023-07-29 |
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| 収録物ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 01418130 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 18790003 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | AA00233999 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | AA1153092X | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | Elsevier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 権利情報 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 権利情報 | © 2023. This manuscript version is made available under the CC-BY-NC-ND 4.0 license https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子 | 405134 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Cite as
川上, 竜巳, タカミ, ナオキ, 林, 順司, ヨネダ, カズナリ, オオモリ, タケト, 大島, 敏久, 櫻庭, 春彦, 2023, First crystal structure of an NADP+-dependent l-arginine dehydrogenase belonging to the μ-crystallin family: Elsevier, 126070– p.
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