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ArcS from Thermococcus kodakarensis transfers L-lysine to preQ0 nucleoside derivatives as minimum substrate RNAs
https://tokushima-u.repo.nii.ac.jp/records/2012176
https://tokushima-u.repo.nii.ac.jp/records/2012176b9a89819-793a-4281-950f-93d64a04c3ef
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
jbc_300_8_107505.pdf (3.14 MB)
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.png)
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| Item type | 文献 / Documents(1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 公開日 | 2024-07-31 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| アクセス権 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| アクセス権 | open access | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版社版DOI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | https://doi.org/10.1016/j.jbc.2024.107505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連名称 | 10.1016/j.jbc.2024.107505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプ | VoR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | ArcS from Thermococcus kodakarensis transfers L-lysine to preQ0 nucleoside derivatives as minimum substrate RNAs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル別表記 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| その他のタイトル | Substrate RNA specificity of ArcS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 著者 |
フジタ, シュウ
× フジタ, シュウ
× スギオ, ユズル
× カワムラ, タクヤ
× ヤマガミ, リョウタ
× オカ, ナツヒサ
× 平田, 章
WEKO
1160
× ヨコガワ, タカシ
× ホリ, ヒロユキ
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| 抄録 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | Archaeosine (G+) is an archaea-specific tRNA modification synthesized via multiple steps. In the first step, archaeosine tRNA guanine transglucosylase (ArcTGT) exchanges the G15 base in tRNA with 7-cyano-7-deazaguanine (preQ0). In Euryarchaea, preQ015 in tRNA is further modified by archaeosine synthase (ArcS). Thermococcus kodakarensis ArcS catalyzes a lysine-transfer reaction to produce preQ0-lysine (preQ0-Lys) as an intermediate. The resulting preQ0-Lys15 in tRNA is converted to G+15 by a radical S-adenosyl-L-methionine enzyme for archaeosine formation (RaSEA), which forms a complex with ArcS. Here, we focus on the substrate tRNA recognition mechanism of ArcS. Kinetic parameters of ArcS for lysine and tRNA-preQ0 were determined using a purified enzyme. RNA fragments containing preQ0 were prepared from Saccharomyces cerevisiae tRNAPhe-preQ015. ArcS transferred 14C-labeled lysine to RNA fragments. Furthermore, ArcS transferred lysine to preQ0 nucleoside and preQ0 nucleoside 5′-monophosphate. Thus, the L-shaped structure and the sequence of tRNA are not essential for the lysine-transfer reaction by ArcS. However, the presence of D-arm structure accelerates the lysine-transfer reaction. Because ArcTGT from thermophilic archaea recognizes the common D-arm structure, we expected the combination of T. kodakarensis ArcTGT and ArcS and RaSEA complex would result in the formation of preQ0-Lys15 in all tRNAs. This hypothesis was confirmed using 46 T. kodakarensis tRNA transcripts and three Haloferax volcanii tRNA transcripts. In addition, ArcTGT did not exchange the preQ0-Lys15 in tRNA with guanine or preQ0 base, showing that formation of tRNA-preQ0-Lys by ArcS plays a role in preventing the reverse reaction in G+ biosynthesis. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 書誌情報 |
en : Journal of Biological Chemistry 巻 300, 号 8, p. 107505, 発行日 2024-06-27 |
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| 収録物ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 00219258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 1083351X | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | AA1202441X | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | American Society for Biochemistry and Molecular Biology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | Elsevier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 権利情報 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 権利情報 | This is an open access article under the CC BY license. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子 | 409250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
